בלב הרי ירושלים, בין נופים פראיים לסמטאות עתיקות, שוכן כפר ציורי עטוף בהיסטוריה וביופי נדיר.
כפר זה, המשמש כשער קסום לירושלים, טומן בחובו אלפי שנות תרבות, ארכיטקטורה והיסטוריה המשתקפות במבנים האותנטיים, באווירה הייחודית ובסיפורים שנחרטו באבן. כל פינה בו מספרת סיפור, וכל ביקור בו הוא מסע בזמן, החושף רבדים עמוקים של מורשת חיה ואופי מקומי ייחודי.
בראשיתו, כפר כנעני שהיווה מקום התיישבות לחקלאים ולרועים שנסמכו בעיקר על קרבתו ל"עיר יבוס" (ירושלים של אז). ראשוני המתיישבים בחלקת אדמה זו בחרו להתיישב בו בשל המעיין הנובע (עד היום – "מעיין מרים") במרכזו, אשר עד שנות ה-50 של המאה הנוכחית, נחשבו למשובחים ביותר שבכל מעיינות האזור.
ישנן עדויות שהכפר נכבש כנראה בידי שאול המלך. בחלוקת הארץ לשבטים, שטחו של הכפר היה למעין נקודת הגבול בין נחלותיהם של שבטי יהודה ובנימין ועדויות רבות מראות שנחלת הכפר השתייכה לשבט בנימין. החל מתקופה זו יש עדות לשם שניתן לכפר – "בית הכרם" ("בית כרמא" מארמית). לאורך השליטה הישראלית-יהודית, הכפר הקדום ויהודה כולה שגשגו מבחינה חקלאית. בכפר גודלו גידולים חקלאיים רבים כמו : רימונים, תאנים, שקדים, חרובים, אשר את אלו ניתן לראות גם היום בצורתם הטבעית-פראית, באין מפריע ברחבי הכפר. גאוותו הגדולה של הכפר הקדום הייתה בכרמי הזיתים והגפנים שלו, שנודעו למרחקים רבים, מהם ניתן לו שמו. (תמונת עץ רימון, אולי שמראה את המגן-דוד שמשתקף מהכתר של הרימון / גפנים / עצי זית)
בנוסף להיותו כפר חקלאי משגשג, לכפר העתיק גם חלק בבניין בית המקדש השני, כפי שמצוין במסכת מדות במשנה : " אחד אבני המזבח מבקעת בית כרם וחופרין למטה מן הבתולה ומביאין משם אבנים שלמות ". עדות לכך שחלק מאבני בית המקדש הובאו מהכפר. תושבי הכפר באותה התקופה היו יהודים בעלי אחוזות קטנות, אשר במרבית גידוליהם החקלאיים היו משתמשים לצרכי ביתם וחלקם היו נמכרים בשווקי ירושלים. תקופת ההתיישבות היהודית-ישראלית בכללותה הותירה בעין כרם של היום "מזכרות" רבות : שרידי מדרגות חקלאיות (הטרסות) אשר מקיפות את גבעות הכפר, בורות מים, גתות יין חצובות, קברים ומקוואות אשר מתוארכות לתקופת בית שני.
הסיפור מתחיל עוד בטרם נולד, בעת פגישתן של אלישבע, אם יוחנן ומרים, אמו של ישו, כששתיהן נושאות את ילדיהן ברחמן. המפגש בין שתי הנשים נערך ליד המעיין בכפר העתיק "בית הכרם", ומכאן נקרא שמו "מעיין מרים". לאחר מפגש זה, נולדים שני הילדים אשר בבגרותם הופכים למטיפים נודדים ולמעשה, לדמויות מיתיות-משיחיות בעולם הנוצרי. יוחנן היה תושב בית הכרם העתיקה, ובן למשפחת כהנים מיוחסת, אשר על פי האמונה הנוצרית הייתה נצר לאהרון הכהן. מקום היוולדו מונצח כיום כ"כנסיית יוחנן בהרים" אשר ממוקמת בגבעה הצפונית בכפר. בהמשך חייו, יוחנן היה מנהיג רוחני מטיף, ושמו יצא כנזיר המטביל את הבאים אליו בכדי להיטהר ובשביל להירפא. יוחנן הטביל גם את ישו ובאירוע זה למעשה בישר על ישו כ"משיח", בעיקר בעקבות אירוע זה הופך יוחנן לדמות מרכזית וקדושה בנצרות. בעין כרם כיום פזורים כנסיות ומנזרים אשר מנציחים את האירועים המכוננים לדת הנוצרית, שקרו בכפר. כתוצאה מאירועים אלו וממוקדי הדת שפזורים בה, מהווה הכפר מוקד עלייה צליינית לרגל כבר יותר מאלף שנה.
לאחר חורבן בית שני וכישלון מרד בר כוכבא, ניטשה עין כרם על ידי תושביה היהודים ונותרה שוממת במשך מספר שנים. במאה הראשונה לספירה, החלו להתיישב בה בני מיעוטים שונים בהם השומרונים והכותים ששינו את שם המקום ל"אוריני", "ההררי" (מיוונית), על שם ההר הסמוך (הר אורה של היום). במאה השנייה לספירה שב הכפר להיות חשוב, ועדות לכך היא הקמת מקדש אפרודיטה (במקום בו נמצאת כנסיית יוחנן בהרים כיום) והקמת מקדשים נוספים ברחבי הכפר. שגשוגו של כפר אלילי זה לא האריך ימים ובמאות ה-4 וה-5 היה הכפר כנראה נטוש.
קונסטנטינוס היה הקיסר הראשון אשר קיבל על עצמו את הדת הנוצרית והפך אותה למעשה לדת הרשמית של האימפריה הרומית. אמו הלנה, נטתה חסד רב לנצרות, והחליטה לנסוע לארץ ישראל בכדי לעמוד על מיקומם של האירועים המדוברים בברית החדשה. ביקורה בארץ הקודש, כלל גם ביקור בעין כרם הקדומה, בה קבעה את מיקומן של כנסיית יוחנן בהרים, את מעיין מרים ואת ביתה של אלישבע, אם יוחנן וגם שם בנתה כנסייה. מסעה זה של הלנה בארץ ישראל, שתיקרא מעתה "טרה סנטה" (ארץ הקודש), קיבע את הקשר ההדוק של העולם הנוצרי לארץ ישראל מאז ועד היום.
כמעט לאורך כל תקופת השלטון הערבי בארץ ישראל (מאות 7-11), עין כרם הייתה כפר נטוש זרוע הרס וחורבן, שבא בעקבות כיבוש ארץ ישראל על ידי השבטים הערביים השונים. כאשר הגיעו הצלבנים במאות ה-11-12 לארץ הקודש וכבשוה, החזירו את פולחנם ובנו מחדש את האתרים המקודשים להם, בהן הכנסיות בעין כרם. "מונטנה" (הגבעה, מלטינית) היה השם שניתן לכפר על ידי הצלבנים.
אין יותר מדי עדויות על התיישבות בעין כרם בתקופה שבה שלטה האימפריה הממלוכית, בין המאה ה-13 (כשהצלבנים עזבו) למאה ה-16. במאה ה-16, ישנן עדויות ראשונות להתיישבות ערבית. בתקופתם זו, הכפר "עין כרם" (שהגיע משמו העברי – "בית הכרם") שגשג מבחינה חקלאית. טראסות האבן מימים עברו שופצו, חידשו את אמות המים. את גתות היין מימי בית ראשון ושני הפכו לגתות שמן. כאמור בשנים הללו, אופיו של הכפר היה חקלאי. ראשוני המתיישבים בכפר היו ארבעה משפחות מוסלמיות, יוצאות ספרד, שגורשו מחצי האי האיברי בימי המלך פרדיננד, הן אלו ששיפרו את התנאים והתשתיות בכפר וגרמו לו לשגשג. בד בבד עם ההתיישבות הערבית בו, הייתה במרוצת השנים גם פעילות נוצרית ערה באתרים הקדושים, ואף התיישבות נוצרית-אירופאית בכפר.
ביולי 1948, הפכו 4,000 תושביה הערביים של עין כרם לפליטים. לאחר חמישה חודשים, החלו להתגורר בבתיהם הנטושים של הפליטים, פליטים אחרים, יהודים משבעים גלויות. בתחילה, מרבית הפליטים היהודים שהובאו לעין כרם לא רצו להתגורר בה, כיוון שטענו שהפקידים שהפנו אותם לביתם החדש, הטעו אותם באומרם שהאוטובוסים יובילו אותם לירושלים ולא למקום נידח זה. כמה "יחידי סגולה" כמו שלום בוטל, היו הראשונים להעריך את הפנינה ששוכנת בפרברי ירושלים. " ...בשעות הערב של אותו יום ירדו כמה אנשים מאחד האוטובוסים, וביניהם שלום בוטל הזקן, מיוצאי תימן. הוא כרע על ברכיו, נשק לאדמה ופנה עם משפחתו העניפה אל אחד הבתים הנטושים ... בגיל תשעים הוליד את בן זקוני. בן מאה ועשר שנים נפטר שלום בוטל בעין כרם בשיבה טובה..." (משה עמירב, עין כרם, הוצאת אריאל ירושלים, תשמ"ח).
בנוף המוריק בעל אוויר ההרים של העמק הקסום, השופע בעצי הזית העתיקים, לצלילי פעמוני הכנסיות ועל רקע המסגד והבתים הערביים העתיקים ששוכנים בהרמוניה לצד פיוטי המתפללים בבתי הכנסת הפזורים, מתקיים הכפר בתפאורה מושלמת שעולה אל מעבר לגבולות הזמן ויוצרת מציאות ייחודית, בה מטשטשים הגבולות בין החי לדומם ובין העבר להווה.